Le changement climatique a conduit à une forte dégradation des régions de Mopti et de Tombouctou, qui, sans réelles mesures d'adaptation, ne seront pas en mesure de se récupérer. Pour l’Afrique de l'Ouest, IPCC prévoit une augmentation moyenne de la température de 3,3°C d’ici 2100, pouvant atteindre 4,7°C dans la moitié Nord du Mali. Le changement climatique devrait augmenter l’imprévisibilité et l'incidence des événements météorologiques extrêmes, comme les sécheresses, les inondations et précipitations intenses, mais aussi la nuisance des insectes.

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59,5% de la population de Mopti et Tombouctou vit aujourd’hui sur des terres dégradées, et seulement 29,2% ont accès à une qualité d'eau satisfaisante. La diminution des flux d'eau en combinaison avec l'érosion et l'ensablement bloquent l'acheminement de l'eau dans les meilleures parties du Delta, mettant ainsi en péril la pêche, l'agriculture et les activités pastorales. Le Delta, et notamment le fleuve Niger, se caractérise non seulement par une diminution de son débit d'eau (-25% sur un siècle), mais aussi par la diminution continue de la zone inondée chaque année, qui a diminué de 60% en 50 ans. De nombreuses communautés ont par conséquent été forcées d'abandonner leurs moyens de subsistance traditionnels, pendant que les groupes nomades deviennent sédentaires pour cultiver la terre ou profiter des programmes de développement. En conséquence, l'agriculture et la pêche sont remplacées par le pâturage sur des terres déjà pauvres, exploitables seulement pendant la courte durée de saison des pluies. La baisse des rendements agricoles ont déjà conduit à des stratégies d'adaptation de circonstances de la part des populations non durables, y compris la baisse de la qualité et la quantité des repas.  On estime que depuis 10 ans 200.000 personnes ont migré hors de la région.

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La région de Mopti enregistre également la deuxième plus forte prévalence de malnutrition aiguë du pays. Selon les modèles à venir, l'impact de la baisse de la disponibilité de l'eau conduira à une réduction globale de la production agricole au Mali d’environ 15-20%,et plus particuliètement une diminution de rendement du mil et du sorgho de 30-40% d’ici 2050. Et les scénarios prévoient une croissance démographique de 16 à 27 millions de personnes d’ici 2030, affectant gravement la capacité de prise des ressources naturelles, ainsi que l'augmentation de l'empreinte écologique. Un exercice de simulation (en supposant une augmentation de température comprise entre 1 et 2,75 o C et sans mesure d'adaptation) suggère qu'une diminution de la récolte des céréales se traduirait par un doublement du prix des produits alimentaires au Mali d’ici 2030. La population ne pourrait le supporter, ce qui pourrait conduire à de forts mouvements populaires, du type “Emeutes de la faim” que nous avons connues en 2008.